สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสุพรรณบุรี ได้จัดให้มีระบบการจัดการข้อร้องเรียนของหน่วยงานขึ้น โดยจัดทำคู่มือการจัดการข้อร้องเรียนและแต่งตั้งเจ้าหน้าที่ผู้รับผิดชอบการจัดการข้อร้องเรียนโดยมีการปรับปรุงคู่มือขึ้นใหม่ตามที่ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต กระทรวงสาธารณสุขได้กำหนดให้หน่วยงานในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุขกำหนดมาตรการ กลไล หรือวางระบบในการจัดการเรื่องร้องเรียนของหน่วยงาน โดยมีการแยกเรื่องร้องเรียนออกเป็น 2 ส่วน คือ เรื่องร้องเรียนทั่วไปและเรื่องร้องเรียนการทุจริตและประพฤติมิชอบ เพื่อให้การจัดการข้อร้องเรียนของหน่วยงานเป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ คณะรัฐมนตรี และหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการรับเรื่องร้องเรียนที่กำหนดไว้อย่างครบถ้วน และเพื่อให้บุคลากรอย่างมีประสิทธิภาพให้สอดคล้องและเป็นไปตามหลักเกณฑ์การประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ